Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme
Beschreibung
Zur Beantwortung von biologischen und medizinischen Fragestellungen wird eine effektive und hochqualitative Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) immer wichtiger. Ermöglicht wird dies durch die neuesten Technologien des Next-Generation Sequencing, weshalb bioinformatische Fähigkeiten im Umgang mit besonders großen Datenmengen immer mehr gefragt sind.
In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung werden Ihnen die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse vermittelt. Hierbei geht es sowohl um den richtigen Umgang mit großen Datensätzen und Datenformaten als auch um die selbständige Anwendung von Workflow-Managementsystemen. Sie werden eigenständig NGS-Workflows von der Qualitätskontr…
Frequently asked questions
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Zur Beantwortung von biologischen und medizinischen Fragestellungen wird eine effektive und hochqualitative Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) immer wichtiger. Ermöglicht wird dies durch die neuesten Technologien des Next-Generation Sequencing, weshalb bioinformatische Fähigkeiten im Umgang mit besonders großen Datenmengen immer mehr gefragt sind.
In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung werden Ihnen die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse vermittelt. Hierbei geht es sowohl um den richtigen Umgang mit großen Datensätzen und Datenformaten als auch um die selbständige Anwendung von Workflow-Managementsystemen. Sie werden eigenständig NGS-Workflows von der Qualitätskontrolle bis zum Variant Call in Galaxy entwickeln und in der Lage sein, diese mit einfachen Bash-Befehlen über die Linux-Kommandozeile in Snakemake zu übertragen.
Hinweis: Diese Weiterbildung wird lediglich in
englischer Sprache durchgeführt. Wir beraten Sie
gerne über Ihre Teilnahmemöglichkeiten.
Inhalte der Weiterbildung:
1. Analyse von NGS-Daten
- Rohsequenz-Format FastQ
- Rohsequenz-Qualitätskontrolle (DNA/RNA) mit FastQC
- Adapter Clipping und Quality Trimming (z. B. Trimmomatic, Cutadapt)
- Read-Mapping mit Bowtie2, BWA-MEM
- Mapping-Formate SAM/BAM
- Mapping-Statistik (samtools)
- Mapping-Qualitätskontrolle (Qualimap)
- Duplikat-Entfernung und Filterung von gemappten Reads (samtools, Picard)
- Erstellung von Qualitätskontrollberichten mit MultiQC
- Variant-Call (bcftools, freebayes, GATK)
- Variant-Call-Format VCF
- Visualisierung von gemappten Reads und Varianten mit dem Genombrowser IGV (Integrated Genomic Viewer)
2. Einstieg in Kommandozeilen-Tools und Software-Management
Einrichtung und Verwaltung von Softwareumgebungen
- Installation und Steuerung von Softwarepaketen mit Conda
3. Vorstellung von Workflow-Management-Systemen
- Galaxy (browserbasiert)
- Snakemake (skriptbasiert, Kommandozeile, einfache Bash)
Voraussetzungen:
Fachliche Voraussetzungen:
- Grundsätzliche Kenntnisse der Molekularbiologie, besonders der Genetik/Genomik.
- Grundverständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
- Programmierkenntnisse sind nicht erforderlich, allerdings Interesse am Erlernen des Umgangs mit Kommandozeilen-Tools.
Technische Voraussetzungen:
- Computer mit freiem Festplattenspeicherplatz von min. 30 GB.
- Linux (Ubuntu) oder Mac OSX als Betriebssystem.
- Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
Die Weiterbildung wird online durchgeführt.
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